As origens de São João da Boa Vista apresentam pontos controversos que jamais serão perfeitamente esclarecidos pois se houve documentos que poderiam esclarecer dúvidas surgidas, estes perderam-se na noite dos tempos.

Aceita-se como fato comprovado que as terras que formam hoje o município pertenciam a Mogi Mirim e foram ocupadas por Antonio Manuel de Oliveira (vulgo Antonio Machado), que juntamente com seus cunhados Ignácio e Francisco chegaram às margens do Rio Jaguari-Mirim, vindos de Itajubá no ano de 1822 ou no de 1824.

Antônio Machado doou o terreno para patrimônio da futura população e, erguida a capela sobre o patrocínio do monsenhor João José Vieira Ramalho, este vinha de sua Fazenda Pinheiros, afim de celebrar missa aos domingos e possivelmente celebrar batismos e matrimônios.

Nessas viagens, monsenhor tomou-se de amores pelo povoado incipiente acabando por mudar-se para lá, adquirindo propriedades rurais e casas na parte povoada.

Padre Ramalho deve ter sido interessante tipo de pioneiro, era destemido e sabia batalhar pelas suas opiniões políticas; tomou parte da revolução de 1842. Ainda hoje existe na Estação da Prata os córregos do Quartel e do Polvarinho, assim como a Serra do Paiol que devem ser remanescentes dos nomes dados a pontos estratégicos utilizados nas empreitadas bélicas do ativo sacerdote.

O nome da cidade deriva-se do fato seguinte: os Machado chegaram aqui em vésperas de São João e resolveram dar o nome do santo festejado, ao pouso onde se estalaram.

Quanto ao resto do nome da cidade (da Boa Vista), explica-se pelas paisagens encantadoras que se descortinam das serras e da maravilhosa mutação de cores que essas serras apresentam aos que a admiram da cidade.

Em 28 de fevereiro de 1838, o pequeno povoado foi elevado à freguesia e em 24 de março de 1859 a Lei provincial elevou a freguesia à vila.

Existe ainda nos arquivos da Prefeitura Municipal, a ata da instalação da nova vila, cerimônia realizada em 7 de setembro de 1859.

O verdadeiro patrono do município foi Monsenhor João José Vieira Ramalho, pois sem seu interesse e sua proteção não se desenvolveria o pequenino burgo; o povo queria ser assistido por padre e sentia a necessidade de uma capelinha para a celebração da missa dominical e dos sacramentos. Padre Ramalho incentivou o aumento de população propiciando aos moradores aquilo que mais desejavam; estabelecendo-se depois aqui, deu ao município o impulso necessário para progredir.

Com os trilhos da Mogiana, chegou mais tarde um novo estímulo para o progresso pois facilitavam o intercâmbio econômico e cultural com cidades mais adiantadas e com a capital da então Província de São Paulo.

O município compreendia a própria sede e as vilas de Aguaí (então Cascavel), Vargem Grande e Prata que com o decorrer do tempo foram conseguindo sua autonomia, erigindo-se em cidades progressistas dignos rebentos de sua laboriosa cidade-mãe.

Surgiu então a primeira escola municipal, sendo primeiros professores registrados o casal Sandeville; a Prefeitura Municipal recebeu de Joaquim José de Oliveira, um prédio onde pudesse funcionar e a cidade foi crescendo devagar, espalhando-se pelos terrenos que margeiam o Jaguari, o rio da Prata e o córrego São João. As casas foram surgindo em depressões e colinas formando com o anos um aglomerado bastante denso.

Patrocinada por um sacerdote como a cidade de São Paulo, São João da Boa Vista constitui uma população extremamente religiosa. Em 1848 foi construída a primeira Igreja Matriz. Em 1890 foi construída a nova igreja e em 1912 foi ampliada a quase toda reconstruída; a torre foi aumentada, foram edificadas duas capelas laterais e foi instalado o altar-mor, todo de mármore importado da Itália. O atual pároco, Cônego Antonio David, no início de suas funções realizou grande reforma no templo, pondo em ação os planos de seu antecessor, Monsenhor Vinhetas.