Teve sua origem na gleba de terra denominada Laranja Azeda que pertenceu à sesmaria do Morro Azul e que foi adquirida em 18 de junho de 1821 pelo brigadeiro Manuel Rodrigues Jordão e sua esposa Gertrudes Galvão de Oliveira Lacerda, genitores do Barão de São João de Rio Claro: Amador Rodrigues de Lacerda Jordão. O barão, herdando a gleba após o falecimento de sua mãe (já viúva do brigadeiro) em 1848, funda nela uma fazenda denominando-a Fazenda Santa Gertrudes, em homenagem à mãe, iniciando com um engenho de cana-de-açúcar e depois cultivando café. No ano de 1876, já sob a administração do Marquês de Três Rios que havia se casado com Maria Hipolita dos Santos Silva a viúva do Barão de São João de Rio Claro o qual havia falecido em 1873, a ferrovia passa pela divisa da fazenda Santa Gertrudes e o povoado que se formou ao redor da estação (denominado inicialmente de "Gramado" devido às pastagens do lugar) deu origem em 1916 por decreto estadual de Altino Arantes ao distrito de paz de Santa Gertrudes pertencente à comarca de Rio Claro. Em 24 de dezembro de 1948 o distrito emancipou-se de Rio Claro e passou a denominar-se município de Santa Gertrudes. Em 13 de Março de 1949 houve a primeira eleição municipal saindo eleito o 1º prefeito o Oscar Rafael da Rocha.