Seu nome, de origem tupi, tem como interpretação mais aceita "pequeno rio das cobras". O povoado iniciou-se por volta de 1720, com a passagem de bandeirantes paulistas que se dirigiam ao Estado de Goiás, em busca de ouro, e era originalmente habitada por índios caiapós. A freguesia foi criada em 1751, desmembrada da freguesia de Moji do Campo, atual Moji-Guaçu. Em 1769 foi criado o município, por cisão do município de Jundiaí. Foi elevada o município em 1849.

O município recebeu muitos imigrantes italianos, como os das famílias Zolli, Bucci, Brunheroto, Finazzi, Polettini, Biazotto, Marangoni, Guarnieri, Storti e Zaniboni, os quais tiveram importante participação no auge da época do café e das ferrovias da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro.

Em verdade, a origem etmológica da palavra "mojimirim", do tupi-guarani, não significa "pequeno rios das cobras", como querem quase todos os que narram de forma abestalhada a história da cidade. A verdadeira tradução é "pequeno rio que serpenteia como cobra", até porque, não havia nessa região nenhum registro ou indícios de ser ali um serpentário.